中国科学院杭州医学研究所（医学所）成立于2019年5月8日，由中国科学院与浙江省人民政府合作共建，是中国科学院首个以医学命名的直属研究机构，也是浙江省重点引进和打造的生命健康科创高地主平台。2023年2月23日，医学所获批设立为中央事业法人单位。2024年1月25日，中国科学院杭州医学所正式挂牌，进入高质量发展新阶段。
医学所围绕国家战略需求和医学科学前沿重大问题，面向人民生命健康，充分发挥中国科学院体系化建制化优势、浙江省经济发展和创新生态优势，加快推进“四个率先”和“两加快一努力”目标要求，履行国家医学领域战略科技力量的使命当担，努力建设生命健康国际一流原始创新策源地，打造一流成果、广聚一流人才、成就一流事业，为“健康中国”和国家长远发展提供科学基础和关键核心技术支撑。
医学所与浙江省肿瘤医院全面深化“所院融合”创新机制，谭蔚泓院士担任医学所所长和肿瘤医院院院长，肿瘤医院党委书记担任医学所学术副所长，组建“科学家+临床医生”团队，全面开展有组织的科研攻关。与医院实现临床资源、样本资源和信息资源共享，完善科技创新平台体系，共建具有临床特色的科研平台，所院坚定不移的共同探索建设“基础研究-转化研究-临床实践”三位一体创新研发模式，坚持不懈的共同为人民生命健康和人类福祉做出应有贡献。
医学所以基础科学驱动、临床问题导向、重大平台支撑、学科交叉融合为特色，开展有组织攻关式研发。聚焦核酸分子医学、智能分子诊断与靶向药物、恶性肿瘤分子诊疗临床研究等三个主攻方向，探索医学合成生物学、智慧医学与主动健康、中医药分子医学等三个前沿方向。4年内共主持国家重点研发计划、国自然基金项目、省级重大科研项目130余项，人才项目24项，横向项目10项。取得研发首个基于核酸适体的新冠病毒抗原快速检测试剂盒、首个新冠POCT试剂、基于舌象的胃癌诊断新技术、建立三阴性乳腺癌分子分型新方法等重要科技成果。
国自然基金项目
省级重大科研项目
医学所现有在所师生700余人。汇聚了谭蔚泓、杨焕明等多个院士团队，打造了一支由国家杰青、优青及海外高层次青年人才组成的科研核心骨干队伍。科研骨干中国家级人才入选者占比1/3，省级人才占比2/3，具有海外名校研修经历者占比70%，职工平均年龄32岁。2021年获批设立国家级博士后科研工作站（独立招收），招收博士后200余人。在站博士后177人，其中100人获得国家级基金项目。
医学所2024年获批国科大“药学”学术型博士、硕士一级学科学位培养点、“生物与医药”专业型硕士学位培养点，2024年预计招收各类研究生230人（含联培生）。医学所与化学所共建国科大杭高院分子医学院，2020年开始正式招收研究生。与天津大学、中国科学技术大学、中国科学院化学研究所、国科大杭高院、澳门大学、湖南大学、浙江工业大学、温州医科大学等知名高校和科研院所开展研究生联合培养工作，目前共招收研究生500余人。
医学所地处中国医药港小镇核心位置,总占地面积200余亩，一期项目于2020年10月投入使用，占地约8万平方米，建筑面积约3.8万平方米，已建成核酸适体、动物实验研究中心等科研平台。二期项目占地约5.8万平方米，总建筑面积约29.8万平方米，其中，实验区建筑面积约21.8万平方米，预计2025年底前投入使用，可满足千人以上的入驻要求。医学所毗邻国内外知名生物医药企业1600余家，实现科学研究、成果转化和产业应用的全链条延伸覆盖。